Hal lain yang menarik dari kunjungan ke Wakatobi adalah keberadaan Suku Bajo. Suku laut yang menghabiskan hidupnya dengan tinggal di perahu yang mengapung dan berlayar di perairan luas.

Perah-perahu yang mereka disain sebagai tempat bermukim disebut sebagai Palemana atau rumah perahu. Tak salah jika selanjutnya suku ini juga lebih banyak dikenal dengan sebutan manusia Perahu.

Sebenarnya bukan hanya di wakatobi karena Suku Bajo sudah di sejumlah wilayah Nusantara, termasuk di Johor dan Nusa Tenggara Timur. Belakangan, suku laut ini menetap di sejumlah tempat, membangun komunitas sendiri. Yang menarik, Suku Bajo yang ada di kawasan Wakatobi ini adalah suku laut yang masih menjaga tradisinya, seperti Suku Bajo di Kampung Mola, Wangi-Wangi.

Ketika memutuskan membangun sebuah komunitas baru, biasanya masyarakat Bajo berlabuh di satu pantai lebih dahulu. Kemudian seiring perjalanan waktu mereka mulai menimbun pantai dengan batu dan mulai mendirikan pancang-pancang rumah panggung.

Desain utama arsitektur pemukiman Suku Bajo umumnya menyediakan jalur-jalur perahu sebagai alat transportasi utama. Karena itu jika sedang berada di kampungnya, Anda akan melihat mereka hilir mudik perahu di sekitar perkampungan mereka.

Anda pun bisa memiliki kesempatan untuk bergabung bersama-sama mereka menikmati perjalanan itu. Tak perlu khawatir jika yang memegang kendali perahu adalah seorang anak kecil. Karena mereka sudah dididik untuk mahir menguasai laut.

Sebagai pelaut, kehidupan orang-orang Bajo memang seperti tenggelam dalam ketangguhan suku-suku lainnya di Sulawesi. Sejarah memang lebih banyak mencatat keunggulan Suku Bugis, Suku Makassar, dan Suku Mandar dalam urusan mengarungi lautan lepas. Meskipun demikian, ada suatu kearifan lokal yang bisa kita cermati dalam kehidupan masyarakat Suku Bajo.

Bagi masyarakat Bajo, laut dan keanekaragaman hayati yang terkandung di dalamnya merupakan sumber kehidupan. Wajar jika selanjutnya mereka menggantungkan hampir seratus persen sumber mata pencahariannya dari hasil laut. Ketergantungan mereka terhadap laut pun tercermin dalam pembagian hierarki kelompok sosial masyarakatnya.

Dalam kehidupannya, mereka mengenal empat kelompok masyarakat yang dibagi menurut kebiasaannya melaut. Kelompok-kelompok tersebut antara lain Lilibu, Papongka, Sakai, dan Lame.

Lilibu adalah sekelompok orang-orang Bajo yang memiliki kebiasaan melaut hanya dalam jangka waktu satu hingga dua hari saja. Jenis perahu yang digunakan adalah Soppe, perahu tradisional mereka, yang dikendalikan dengan dayung. Mereka akan kembali ke lingkungan tempat tinggal mereka untuk menjual hasil tangkapannya atau dinikmati bersama keluarga.
Papongka adalah mereka yang memiliki kebiasaan pulang kembali ke kampung halamannya setelah satu hingga dua minggu berada di laut. Soppe masih menjadi angkutan laut yang digunakan kelompok ini. Mereka juga tak segan-segan untuk menyinggahi pulau-pulau terdekat demi menjual hasil tangkapan atau mencari air bersih. Sehingga ketika mereka kembali kampungnya yang dbawa adalah uang hasil penjualannya atau dalam bentuk berbagai kebutuhan rumah tangga.

Sementara Kelompok Sakai adalah mereka yang memiliki kebiasaan mencari ikan selama satu hingga dua bulan. Wilayahyang dijelajahinya pun lebih jauh lagi. Mereka cenderung untuk melakukan pelayaran antar pulau bahkan lintas provinsi. Untuk kebutuhan itu mereka menggunakan perahu yang lebih besar dan sudah dilengkapi dengan mesin pendorong.

Kelompok terakhir, Lame, adalah mereka yang memiliki kebiasaan melakukan pelayaran hingga berbulan-bulan. Mereka cenderung melakukan pelayaran antar negara. Armada yang digunakannya pun berenaga besar dengan kapasitas awak penumpang yang besar pula.

Sebagai suku pelaut yang sering berpindah-pindah tempat mereka juga dikenal sebagai kaum imigran. Karena itu keberadaan masyarakat Bajo tersebar tidak hanya di Sulawesi, tempat asalnya. Mereka bisa ditemui di Flores, Sumbawa, Ambon, hingga Kepulauan Riau.
Dalam tradisi religi Suku Bajo mereka mengenal Mbo, yang dipercaya sebagai mahluk gaib penjaga lautan, dan kawasan-kawasan laut yang mereka keramatkan. Orang-orang Bajo menyakini bahwa segala macam musibah yang mereka alami ketika berada di laut tak lepas dari peranan Mbo. Mereka percaya jika merusak tempat-tempat yang dikeramatkan tersebut maka akan mendapat kutukan dari Mbo.

Inilah yang membentuk kesadaran alami Suku Bajo dalam menjaga kelestarian dan keindahan lingkungan dimana mereka singgah dan tinggal. Kearifan lokal kehidupan suku bajo dalam menjaga kelestarian alamnya ini banyak dijadikan sebagai studi perbandingan dan contoh bagi masyarakat lain.